Thời kỳ vua Tự Đức trị vì (1858-1883), giặc biển hoành hành trên nhiều vùng biển thuộc hải phận nước ta và trở thành ''vấn nạn" của triều Nguyễn. Đặc biệt, cướp biển Tầu Ô đã hoạt động một cách công khai, ngang nhiên ngăn chặn các tàu vận tải, tàu buôn đi lại trên vùng Biển Đông. Quan trị nhậm tại các tỉnh ven biển như Hải Dương, Quảng Yên, Thanh Hóa, Nghệ An... liên tục nhiều năm dâng sớ cấp báo tình hình cướp biển đe dọa, tấn công địa phương mình.

Đà Nẵng, với vị trí chiến lược quan trọng có ảnh hưởng trực tiếp đến sự an nguy của Kinh đô Huế - trung tâm chính trị, kinh tế, quốc phòng... của vương triều Nguyễn. Đây là một quân cảng và một thương cảng quan trọng bậc nhất của triều Nguyễn. Cho nên, ngay sau khi thành lập, vương triều Nguyễn đã chú trọng xây dựng tại đây một hệ thống quản lý và phòng thủ cảng biển đặc biệt.

Vua Tự Đức (1829-1883) là con thứ hai của Thiệu Trị, tên thật là Nguyễn Phúc Thì (Thời), tên chữ là Hồng Nhậm (Nhiệm). Ông là vị vua thứ 4 của vương triều Nguyễn, lên ngôi năm 1847, niên hiệu là Tự Đức, nổi tiếng là hay chữ và có hiếu với mẹ.

Mặc dù các chúa Nguyễn ở Đàng Trong vẫn tiếp tục quan tâm đến việc mở rộng lực lượng thủy quân vào cuối thế kỷ XVII đầu XVIII, nhưng sự phát triển đột phá về sức mạnh hải quân của Việt Nam chỉ có được là vào cuối thế kỷ XVIII, cùng thời điểm với sự nổi dậy của nghĩa quân Tây Sơn.

Trong phần lớn những ghi chép của người châu Âu về Việt Nam, các tác giả đặc biệt chú ý đến vấn đề tiềm lực quân sự và khả năng quốc phòng của các chính thể quân chủ.

Vua Thiệu Trị là con trưởng của vua Minh Mệnh, tên thật là Nguyễn Phúc Miên Tông, có các tên khác là Nguyễn Phúc Dung, Nguyễn Phúc Tuyền, sinh ngày 11 tháng 5 năm Đinh Mão (tức 16/6/1807). Miên Tông đăng quang ngày 11/2/1841, lấy niên hiệu là Thiệu Trị. Ông là vua thứ ba, cũng là một vị vua tài giỏi, rất yêu thích văn học, chăm lo việc nước của vương triều Nguyễn.

Một trong những vấn đề vua Minh Mệnh quan tâm chú trọng nhất trong thời kỳ làm vua (1820-1840) là chủ quyền vùng biển đảo quốc gia. Thư tịch của triều Nguyễn, tộc phả của các dòng họ ở các tỉnh Nam Trung bộ (Khánh Hòa, Quảng Ngãi, Bình Định), đặc biệt là kho Châu bản hiện còn đã chứng minh: Minh Mệnh là một vị vua cho công bố nhiều văn bản Nhà nước nhất về việc quản lý vùng biển đảo Hoàng Sa.

Ngài Thân Trọng Huề, nguyên là thượng thư Bộ Binh, qua đời năm 1925, trong một bức thư đề ngày 3 tháng 3 năm ấy, đã viết "những hòn đảo này luôn luôn thuộc chủ quyền của nước An-Nam, việc này không có gì để bàn cãi cả".